一九八九年下半年开始，北京大学燕南园五十一号的灯光常常亮到很晚。冯友兰已经九十多岁，双耳近聋，视力衰得几乎看不见字，住了几次院，心里惦记的却只有一件事：《中国哲学史新编》的第七册还没定稿。他在病榻上口述，助手记录，再念给他听，一句句增删修改。女儿宗璞回忆，有一次检查完身体，他忽然说：「庄子说过，生为附赘悬疣，死为决疣溃痈……我现在是事情没有做完，所以还要治病。等书写完了，再生病就不必治了。」
把时间拉长，这个画面的分量才看得出来。抗战岁月里，他随清华南迁，在西南联大写成「贞元六书」：《新理学》《新事论》《新世训》《新原人》《新原道》《新知言》，从一九三九年到一九四六年陆续出版。「贞元」二字取自「贞下起元」，意思是严冬之后必有春来，他要用哲学给一个苦战的民族打气。《新原人》里提出自然、功利、道德、天地四重境界，《新事论》副标题径直写作《中国到自由之路》。那时他是中国影响最大的哲学家，「贞元六书」构成了他完整的新理学体系。
一九四九年以后，他的路走得艰难。思想改造运动里他反复检讨，五十年代提出的「抽象继承法」受到大规模批判，后来的岁月中又写下过今天读来令人扼腕的文字。海外有人讥他「两截子」，说早年的冯友兰和晚年的冯友兰判若两人；他自己的辩解是四个字——「修辞立其诚」：每一段文字都是当时真心认定的话，处境和认识变了，话也跟着变。这两面并排放着，是非功罪，读者各自掂量，不必有人替他下一句定性的判词。
八十岁重写《新编》，他自己说是写「检讨的检讨」。此前的两册旧稿他不满意，推倒重来，七册一百五十多万字，从孔子一直写到毛泽东。最后一册最难也最敏感，他把毛泽东思想分成新民主主义、社会主义、极左三个阶段来评，书成后无法在大陆出版，先在香港刊行，直到一九九九年才以《中国现代哲学史》为名在内地面世。他在自序里写「海阔天空我自飞」，宗璞则说，父亲在无比强大的压力下「不自杀，不发疯，也不沉默」。
一九九〇年七月，第七册终于定稿；四个月后，十一月二十六日，他病逝北京，享年九十五岁。临终前他留下的话仍是关于哲学的：中国哲学将来一定会大放光彩。
「三史释今古，六书纪贞元」，这是他给自己一生写的注脚。三史里的最后一部，是一个老人用最后的力气，争取按自己的意思说话。
❝阐旧邦以辅新命，极高明而道中庸❞