大业六年，洛阳，太医博士巢元方把一部五十卷的医书进呈御前。这是隋炀帝下诏命他与诸医共同纂修的敕撰之书，专讲内、外、妇、儿、五官各科疾病从何而起、发作起来是何等症候，通篇却几乎不录一味药方。正史没有给巢元方立传，他的生卒、籍贯都已无确考，后人只能从书前的署名和零星记载里知道，他在大业年间做过太医博士，后迁太医令。后世小说《开河记》载他为开河都护麻叔谋诊病、以蒸羊入药治愈的故事，那是小说家言，正史无征，只能当作传闻看，算不得信史。
这部书叫《诸病源候论》，又称《巢氏病源》，全书分六十七门，载列证候一千七百三十九论。在它之前，医家著述多重方药与针灸，病从何来往往语焉不详。此书反其道而行，先辨病源，次析病机，再详述证候的形态与变化，只在少数病候之后附以呼吸、导引、按摩的调摄之法，用意是以日常锻炼代替药石，与同一时期朝廷另编的专录方剂的大型方书各明一义、相辅相成，开创了中国医学病因证候学的专门体例，是现存最早的这一类专著。
书里有不少出自精细观察的记录。论疥疮，它明确指出病源是一种细小的虫，可用针挑得，形如水中的小螺，比起前人笼统归因于湿邪，已近于对病原体的认识；论寸白虫，即今之绦虫，说此虫长一寸而色白、形小褊，因食生牛肉、生鱼而得，传染途径说得清楚；论漆疮，又指出触漆是否发病因人而异，不耐漆者一接触便红肿流水，耐漆者终日操作也不受伤，这已是对过敏体质的观察。论疫病，它更提出天地间另有一种乖戾之气，人感触便发病，且能转相染易、阖门相染，主张预服药、避忌隔离，在惯以风寒暑湿笼统解释热病的年代，这是相当清醒的认识。
它对脚气病从膝足麻木到上行攻心的层层症候刻画入微，又记下消渴病人多发痈疽疖肿、山居之人多瘿病与饮沙水有关等观察，外科部分还保留了肠吻合、血管结扎等手术的记载，反映出当时外科的实际水平；对妇人妊娠、产后诸疾与小儿杂病，也各立专卷详辨证候，许多病候后还载有可调摄的导引法。书中大量征引隋以前的医籍，许多原书后来散佚，赖它的转引才留下一鳞半爪。唐以后孙思邈《千金方》、王焘《外台秘要》多所取资，日本《医心方》亦加援引，宋代更把它列为太医局的教本。
一位正史无传、行迹大半无考的医官，凭着这部只问病源、不开药方的书，替中国医学把「病为什么会发生」这件事，第一次系统地讲清楚了。后世临证辨证、官修医书，都绕不开他立下的这个源头。
❝并皆有虫，人往往以针头挑得，状如水内瘑虫。❞