公元316年，长安失守，晋愍帝出降匈奴，西晋灭亡。第二年，镇守江东建业（今南京）的琅邪王司马睿，在南北士族的拥戴下即位为晋王，公元318年正式称帝，是为晋元帝，史称东晋。
与此同时，中原大地陷入"五胡十六国"的空前混乱，匈奴、鲜卑、羯、氐、羌等民族在北方轮番建立政权、彼此攻伐。为躲避战火，大批中原的宗室、官僚、士族和百姓拖家带口、渡江南逃，因为士大夫和官员多穿峨冠博带的"衣冠"，这次大规模南迁被称为"衣冠南渡"。这是中国历史上第一次因为北方沦陷而出现的全国性经济、文化重心南移，从此江南从相对边缘的"蛮荒之地"，一步步被开发成新的文明中心。
但东晋这个偏安江南的王朝，从开国第一天起就透着一股古怪：皇帝司马睿并没有真正的权威，朝政被几大门阀士族轮流把持，"王与马，共天下"这句话，道尽了东晋一朝最独特的政治格局——皇权与门阀共治天下。一个皇帝说了不算的王朝，为什么还能在强敌环伺的江南，摇摇晃晃地撑过一百多年？
王与马，共天下
司马睿是西晋皇室的远支疏属，祖父这一辈就和皇位嫡传隔得很远，既无显赫功勋，也没有自己的军事班底。他能在江东站稳脚跟，几乎完全靠一个人——出身琅邪王氏的王导。
早在西晋末年，王导就看出天下将乱，力劝当时被派往江东的司马睿提前经营江南。可江东本地的士族（顾、陆、朱、张等"吴姓"）自恃是地头蛇，根本看不起这个北来的、没什么名望的宗室，对他很冷淡。王导想出一个办法：利用三月上巳节当地官民出城修禊的机会，安排司马睿坐着肩舆、摆出盛大仪仗出行，自己和从北方南渡的一批名士（侨姓）毕恭毕敬地骑马跟从。江东士族首领顾荣等人见北来的名流竟如此尊奉司马睿，大为震动，这才纷纷前来拜见、归附。王导又帮司马睿招揽、安抚南北士族，协调"侨姓"（北方南渡士族）和"吴姓"（江东本土士族）的利益，东晋政权这才搭起架子。
正因如此，司马睿对王导倚重到了极点，登基时甚至要拉着王导一起坐上御床，接受百官朝贺，被王导坚决推辞。当时民间流传"王与马，共天下"——"王"是琅邪王氏，"马"是皇族司马氏，意思是这天下是两家共有的。王导在内执掌中枢，他的堂兄王敦在外统领大军、镇守长江上游，王氏一族子弟遍布要职，势力甚至盖过皇室。司马睿一度想重用别的大臣来牵制王氏，结果引发王敦起兵"清君侧"、攻入建康，皇帝忧愤而死，而王导在这场动乱中态度暧昧，最终王氏依然权倾朝野。一个权臣家族公然兵谏、皇帝被活活逼死，朝廷却还要继续倚重这一家，这种事在皇权独尊的王朝里堪称奇观，却正是东晋门阀政治的真实写照。
门阀轮流坐庄的权力游戏
东晋的政治，本质上是几大门阀士族之间的权力平衡游戏。除了最早的琅邪王氏，此后先后主导朝政的，有颍川庾氏（外戚庾亮、庾冰）、谯郡桓氏（桓温、桓玄）、陈郡谢氏（谢安、谢玄）、太原王氏等。
这些门阀之所以能架空皇权，靠的是几样东西。一是门第和文化声望：当时极重"九品中正制"，选官只看家世门第，形成"上品无寒门，下品无势族"的局面，高门世世代代垄断清要官职。二是经济基础：门阀大族占有大量土地和依附人口（佃客、部曲），自给自足、富可敌国。三是军权：为抵御北方、镇守战略要地，朝廷往往让门阀名士都督荆、扬等军事重镇，像桓温就长期把持上游兵权。皇帝则因为东晋开国根基太浅、又要防范军阀，不得不在几大门阀之间搞平衡，谁也不能让他一家独大。
这种"共治"格局内部矛盾重重。最典型的是桓温。他是东晋中期最有才干也最有野心的权臣，率军西灭成汉、三次北伐，一度收复洛阳，威名赫赫。可他北伐的很大一部分动机，是想靠军功积累威望、进而取晋而代之。他废立皇帝、逼加九锡，离篡位只差一步，只是由于王坦之、谢安等高门名士的拖延和抵制，加上他自己病重，才没能成功。谢安是另一个极端：他出身陈郡谢氏，性格沉稳、顾全大局，在桓温的刀锋下周旋保全皇室，又在淝水之战中指挥若定，击退了前秦苻坚的百万大军，保住了东晋，却始终克制守礼、不越人臣之分。正是靠着王导、谢安这样既有能力又肯顾全大局的士族领袖在中间维系，这个脆弱的平衡才没有彻底崩盘。
淝水之战：偏安王朝的生死一战
东晋门阀政治最严峻的一次考验，来自北方。公元4世纪后期，氐族苻坚的前秦统一了整个北方，国力强盛，于公元383年倾全国之力，号称百万大军南下，企图一举灭晋、统一天下。
东晋能投入战场的，主要是谢安之侄谢玄在京口一带招募、训练的"北府兵"，兵力只有八万，敌我力量极其悬殊。满朝震恐，谢安却镇定自若，以谢石为征讨大都督、谢玄为前锋，沉着部署。两军对峙于淝水（今安徽境内），谢玄利用苻坚急于速胜、又骄傲轻敌的心理，请求秦军稍稍后退，好让晋军渡河决战。苻坚想趁晋军半渡时突袭，便下令后撤，谁知秦军成分复杂、人心不齐，一退便阵型大乱；被前秦俘虏的东晋将领朱序趁机在阵后大喊"秦军败了"，百万大军竟当真以为溃败，争相逃命，自相践踏。晋军趁势猛攻，秦军尸横遍野，"投鞭于江，足断其流"的前秦大军，留下了"风声鹤唳、草木皆兵"的狼狈，苻坚本人也中箭负伤，狼狈北逃，前秦随之瓦解，北方重新分裂。
淝水之战是中国历史上著名的以少胜多之战，它保住了东晋的偏安，也使江南的汉文化和经济开发免于一场浩劫。捷报传来时，谢安正在和客人下棋，看完战报不动声色地放在一边，客人追问，他才淡淡地说："小儿辈遂已破贼。"这份定力，成了千古名士风度的象征。但淝水的胜利并没有改变东晋的内部格局：北府兵后来成长为一支强大的军事力量，而它的统帅，最终也不再愿意受门阀和皇室的节制。
门阀的黄昏
淝水之战后，谢安、谢玄先后去世，门阀政治渐渐走到了尽头。皇室一度想重振皇权（晋孝武帝、司马道子父子），却陷入新的皇族内部争斗；桓温之子桓玄趁乱起兵，一度篡晋建楚，却很快被北府兵的将领刘裕击败。
刘裕出身寒微，靠北府兵的军功崛起，他对内平定桓玄之乱、消灭割据，对外两次北伐，灭南燕、后秦，收复洛阳、长安，立下无人能及的赫赫武功。当军功和军权都握在一个寒门武将手里，那个靠门第和文化名望维持了一百年的门阀共治格局，就再也压不住真正的刀把子了。公元420年，刘裕代晋称帝，建立刘宋，东晋灭亡，历史进入南朝（宋、齐、梁、陈）时期；而门阀士族虽然在南朝仍享有崇高的社会地位和特权，却再也没能像东晋那样，真正与皇权"共天下"。
回看东晋这一百多年，"王与马，共天下"既是它软弱的根源，也是它能存续的原因。因为皇权不振，东晋始终偏安、权臣迭出、北伐大多功亏一篑，没能收复中原；但也正因为几大门阀彼此制衡、又有王导谢安这样的人物维系大局、再加上北府兵这样的精锐武装，这个先天不足的王朝才一次次挺过内乱与外患，守住了江南半壁。更深远的影响是，衣冠南渡把中原的典章制度、文化典籍和先进生产技术带到了南方，在乱世里为汉文明保留并延续了一脉火种，也让江南从此走上了深度开发的道路，为日后唐宋时期经济重心彻底南移埋下了伏笔。一个皇帝说了不算的王朝，就这样以一种独特而脆弱的方式，在江南的烟雨中，写下了属于自己的百年。