庆元二年冬天，六十七岁的朱熹还在讲学。他不知道的是，一场针对他的政治风暴正在逼近。宰相韩侂胄把他列入了「伪学逆党」的名单——「伪学」这两个字意味着他的学问被定性为伪学，他的弟子被禁止参加科举，他的书被禁毁。
朱熹一生都在做一件事：把「理」讲清楚。他是程颢、程颐的三传弟子，继承了「洛学」正统，认为万物之上有一个「理」，人要做的，是「格物致知」——穷究事物的道理，明白人伦纲常。他把这套学问系统化，写出了《四书章句集注》《诗集传》《楚辞集注》。他的核心主张是：「未有天地之先，毕竟也只是理。」
淳熙二年，吕祖谦邀他在信州鹅湖寺与陆九渊兄弟相会。陆九渊主张「尊德性」，认为心即是理，不必外求；朱熹主张「道问学」，认为要通过研究外物来穷理。两人辩论三天，不欢而散。这就是「鹅湖之会」。后来在白鹿洞书院，陆九渊讲了一章「君子喻于义，小人喻于利」，朱熹大为赞赏，把讲义刻在石碑上。两人方法论不同，但互相敬重。
淳熙五年，朱熹知南康军，访得白鹿洞书院旧址，奏请修复。他自兼洞主，延请名师，置办学田，亲自订立《白鹿洞书院学规》。这部学规成为后世七百年书院办学的样板，也是世界教育史上最早的教育规章制度之一。
朱熹一生著述宏富，除《四书章句集注》外，还有《朱子语类》一百四十卷，由弟子记录整理。他讲学四十余年，弟子数千，形成「闽学」学派，与「洛学」「关学」「濂学」并称宋代理学四派。
到了晚年，一切都变了。韩侂胄与赵汝愚争权，赵汝愚曾推荐朱熹入朝为焕章阁待制兼侍讲，给宁宗皇帝讲学。朱熹在朝四十多天，因直言得罪，被罢官回闽。韩侂胄上台后，把赵汝愚一党列为打击对象，朱熹因此被列为「伪学」之首。庆元六年三月初九，朱熹去世。死前他还在修改《大学章句》，临终前一天仍在改稿。理学后来平反，理宗时他获谥「文」，从祀孔庙，位列大成殿十二哲。但那是他死后的事。死前他看到的是：门生故旧不敢来送葬，据说只有寥寥数人执绋。朱熹一生讲学不辍，即使在政治最困难的时期也未曾放弃。他在福建建阳的考亭建精舍讲学，四方学者云集，形成了著名的「考亭学派」。他的理学思想对后世影响深远，元代以后被定为官学，成为科举考试的标准。他留下的不仅是文字，更是一整套理解世界和人生的方法。这种方法影响了此后七百年的中国思想史。
❝一个讲了一辈子「理」的人，最后被权力贴上了「伪」字。这大概是他讲过的最难的一课——理可以传世，但传不传得了，有时不看理本身。❞