一七九一年十二月四日下午，劳亨施泰因巷的公寓里聚着几个朋友。莫扎特已经卧床多日，浑身浮肿，却执意要排一遍还没写完的《安魂曲》。据在场者后来向早期传记作者回忆，他们围在床边轻声试唱，他忽然自己接上来，声音细得几乎听不见，唱到落泪之日那一段，他失声痛哭，挥挥手让大家停下，转头对学生苏斯迈尔一节一节交代后面怎么续：哪一处该由女声部进，哪一处小号要从远处应和。次日凌晨一时不到，他死在妻子康斯坦策怀里，享年三十五岁。
这部《安魂曲》从一开始就带着悬疑。一七九一年夏天，一个灰衣陌生人登门，匿名重金定制一部亡者弥撒，手稿要全部交出，不许打听主顾。后来才查明，主顾是瓦尔泽格伯爵，要用来纪念亡妻，甚至打算冒充自己的作品。莫扎特当时负债缠身，接下了活。据家人回忆，他在普拉特公园对妻子说过，觉得自己是在给自己写安魂弥撒，这段话经康斯坦策事后多次转述，带追记色彩，宜作此观。他死后，为领到尾款，康斯坦策先后请几位学生补全，主要由苏斯迈尔续成；哪些段落出自莫扎特亲笔、哪些是续笔，后世音乐学打了两百年笔墨官司，但今天音乐会上唱的版本，骨架确实是病榻上那几天的交代。
另一个流传更广的故事也该结案：萨列里下毒。一八二〇年代，垂老的萨列里精神错乱，病中谵语被人传成承认毒死莫扎特，可他清醒时郑重否认，看护与医生也留证无人听他说过这话。普希金写成诗剧，后世舞台与电影再层层加料，一个嫉妒杀人的故事就此盖过史实。两人是有竞争的同行，却非死敌，莫扎特死前一个月还邀萨列里看戏，信里说对方听得极为赞赏。教区登记的死因只是急性热病一类泛称，今人提出风湿、肾病、旋毛虫病等诸说，无一能定。
他的葬礼也被误读得厉害。十二月六日或七日，遗体在圣斯蒂芬大教堂行简易仪式后，葬入圣马克思公墓的公共墓区，没有个人墓碑。这不是被世界抛弃：当时皇帝推行的葬制改革规定，普通市民阶层一律合葬、薄棺、不立私碑，墓坑按周期复用，与他同例的人成千上万。几年后墓坑按规制起迁，确切位置遂不可考，这是制度，不是人情凉薄。
下葬那天风雪很大，送行的人到城门便折回了。一个写出《费加罗的婚礼》《魔笛》、留下编号作品六百二十余件的人，留在世上的最后声音，是没写完的落泪之日。他没写完的部分，学生替他写完；他没活完的命，作品替他活下去。
❝我是在为自己写这部安魂曲，它将成为我最后的作品。❞