康熙十六年三月，黄河下游的残堤上走来一位新上任的大员。前一年黄淮并涨，砀山以下黄河两岸决口二十余处，高家堰溃决，淮扬一带尽成泽国，运河浅胶，漕运中断。新任河道总督叫靳辅，字紫垣，辽阳人，隶汉军镶黄旗，顺治间以官学生入仕，原任安徽巡抚。他接的是几十年积重的烂摊子：黄河泥沙淤出地上悬河，北决淤塞运道，南决倒灌湖淮，前人开新河、分水势的方子越治越坏。靳辅到任不坐衙门，带着幕友陈潢沿堤踏勘，两个月逆行千里，把黄、淮、运三条河的形势要害看了个遍。
看明白之后，他连上八道奏疏，即《经理河工八疏》，提出一个全局判断：治河不能头痛医头，必须把黄河、淮河与运河当作一盘棋。他在疏里写下「治河当审全局，必合河道、运道为一体，而后治可无弊」，规划挑浚清江浦以下至海口的河身，以挖出的淤泥就近筑两岸大堤，又大修高家堰，堵塞各处决口，深挑运河，使漕船复通。朝廷核准，数年大工次第铺开。
他用的根本之法，出自近百年前明代河臣潘季驯：以堤束水，以水攻沙，再蓄淮河清水自清口汇黄刷沙。潘季驯当年四任河督，立下束水攻沙的格局；靳辅与陈潢继承其说而又有所发展，尤其把减水坝做成可调度的闸坝，大水时开闸分泄、小水时收束归槽，又在堤外筑坦坡消减浪击，开引河三面夹冲刷淤，寓浚于筑。高家堰一线筑起减水坝群，武家墩、高良涧、周家桥等处汛期分洪、平日蓄清，黄淮之间第一次有了可调控的节制体系。多年屡塞屡决的清水潭险工，经他督工一次合龙，他改其名为永安堤，淮扬百姓多年水患稍纾。
工程之外，他又开中河，让漕船出清口后不必再借黄河险流远航一百八十里，由北岸中河直行，风涛大省，岁以为常。十余年经营，决口遍地的黄淮安流归槽，涸出的水淹田重新耕种。康熙二十三年皇帝第一次南巡阅河，见堤工整肃、河道深通，当面勉励有加。孰料河工触动了沿河豪绅的滩地利益，屯田之议又引得攻讦四起，他与按察使于成龙在御前争论海口治法，朝议纷纭。康熙二十七年，靳辅被劾罢官；数年之后，皇帝南巡亲见河务成效，沿河官民多称颂旧制，又于三十一年把他召回原任。这年冬天，他病卒于治河任上，临终前还在上疏为已故的陈潢请复官衔，赐祭葬，谥文襄。
他把历年章奏、图式与议论辑成《治河方略》，原名《治河书》，后来继任的河臣多沿其成法，《行水金鉴》一类河工专书也大量收录其议论。与潘季驯一样，他没有留下多少风雅故事，留下的是大堤、闸坝与一条重新归槽的大河。一个全局型主持者的分量，不在亲手捆过几卷埽料，而在敢把三条河揽入一张图里，一肩担下十余年的成败。
❝治河当审全局，必合河道、运道为一体，而后治可无弊。❞